नश्वर कुंडलियों को कब त्यागना है, इस बारे में श्री त्रैलंग स्वामी का बहुत स्पष्ट विचार था। उन्होंने एक बार अपने सबसे करीबी शिष्य उमाचरण से कहा था कि लगभग पांच या छह साल में वह अपना शरीर छोड़ देंगे। उन्होंने उससे यह भी कहा कि उन्हें पहले ही सूचित कर दिया जाएगा और उन्हें काशी (अब वाराणसी) आना चाहिए, जहां श्री त्रैलंगा स्वामी निवास करते थे, बिना किसी असफलता के।
श्री त्रैलंगा स्वामी जानते थे कि उनका शिष्य एक प्रश्न पूछेगा और वे उस प्रश्न का उत्तर देने के लिए तैयार थे। उन्होंने खुद की एक मूर्ति बनवायी और उसमे 'प्राणप्रतिष्ठा' (मूर्ति में जान डालने की विधि) की। श्री त्रैलंग स्वामी जानते थे कि उनका शिष्य एक प्रश्न पूछेगा और वे उस प्रश्न का उत्तर देने के लिए तैयार थे। वे खुद की एक मूर्ति बनवायी और उसमे 'प्राणप्रतिष्ठा' (मूर्ति में जान डालने की विधि) की। जब उमाचरण ने उनसे पूछा की वो अपने गुरु के बिना कैसे जीवन में आगे बढ़े, तो स्वामीजी ने उनसे कहा की मूर्ति उसे शक्ति और प्रेरणा प्रधान करेगा।
श्री त्रैलंगा स्वामी ने वर्ष १८८७ के मार्गशिरा के महीने में उमाचरण को एक पत्र भेजा। उन्होंने उमाचरण को बताया कि उनके अन्य शिष्यों को भी इसी तरह के पत्र भेजे जा रहे हैं और वह एक महीने के समय में सांसारिक शरीर छोड़ देंगे। जब उमाचरण काशी पहुंचे तो स्वामी के जाने में महज दस दिन शेष थे। तब तक वे सभी मौजूद थे जो श्री त्रैलंग स्वामी के बहुत करीब थे। सदानंदस्वामी, कालीचरणस्वामी, ब्रह्मानंदस्वामी, भोलानाथस्वामी के अलावा दो अन्य परमहंस उपस्थित थे। स्वामी ने अंतिम क्षण आने से एक दिन पहले तक वहां इकट्ठे हुए सभी लोगों को विभिन्न आध्यात्मिक मामलों की व्याख्या की।
त्रैलिंगास्वामी ने अपने शिष्यों को अंतिम विवरण तक निर्देश दिए। उन्हें अपने आकार का एक लकड़ी का बक्सा बनवाने के लिए कहा गया। स्वामी ने उन्हें अपने शरीर को बक्से में रखने, ढक्कन बंद करने और पेंच करने के लिए कहा। उन्होंने बक्से को किराए की नाव में डालकर अस्सीघाट से वरुणघाट तक ले जाने और फिर पंचगंगाघाट से थोड़ी दूरी पर पानी में एक विशेष स्थान पर बक्से को रखने का निर्देश दिया। उन्होंने बहुत स्पष्ट रूप से कहा कि कोई दाह संस्कार नहीं होना चाहिए।
उस रात उसने उनसे कहा कि यदि कोई स्पष्टीकरण मांगा जाना है, तो उसी रात का समय था क्योंकि अगले दिन कोई मौका नहीं होगा। उनके सभी शिष्यों ने आत्मा के मामले में अपनी-अपनी चिंताओं के बारे में बताया। स्वामी ने अपने दूसरे शिष्य कालीचरण को उमाचरण के आध्यात्मिक कल्याण की प्रगति सौंपी और कहा कि आवश्यकता पड़ने पर कालीचरण को उमाचरण के पास जाना चाहिए। पूरे काशी शहर में काफी कोहराम मच गया जब यह खबर फैली कि त्रैलिंगस्वामी पार्थिव शरीर छोड़ देंगे। वह शहर की चर्चा बन गया।
सब कुछ अगले दिन के लिए तैयार किया गया था। एक नाव भी शिष्यों द्वारा किराए पर ली गई थी। सुबह करीब आठ बजे, स्वामी अपने कमरे में चले गए और मंच पर बैठ गए। वे अपने छात्रों से सभी दरवाजे बंद करने के लिए कहा। उन्होंने उनसे कहा कि जब तक वह उस पर दस्तक न दे, तब तक दरवाजे बंद रखें। वे कमरे में एक ध्यानपूर्ण समाधि में चले गए। दोपहर करीब तीन बजे कमरे के अंदर से दस्तक हुई। जब उन्होंने दरवाजा खोला तो स्वामीजी बाहर आए और उन्हें डिब्बा खोलने के लिए कहा। फिर वह योग मुद्रा में डिब्बे में बैठ गया। वह गहन आध्यात्मिकता के चित्र थे। इस प्रकार ईसाई युग के 26 दिसंबर, 1887 को पौष के पूर्व भाग के ग्यारहवें दिन दोपहर में, श्री त्रैलंग स्वामी ने अपना नश्वर शरीर छोड़ दिया। वे दो सौ अस्सी वर्ष के थे।
संत के निर्देशानुसार, शिष्यों ने बक्से का ढक्कन बंद कर दिया और उसे शिकंजा से सील कर दिया। बक्सा को पंचगंगाघाट पर नाव में लाद दिया गया और वे इसे अस्सीघाट से वरुणघाट तक एक तरह के जुलूस में ले गए। नाव शुरू होने से पहले ही कई लोग उसमें सवार हो गए। शुभ दिनों की तरह उस शाम विभिन्न घाटों पर भारी भीड़ थी। सूर्यास्त से पहले बक्सा को गंगा नदी के पानी में उतारा गया। बक्सा पानी में डूब गया और नदी बहती रही।
श्री त्रैलंग स्वामी हमेशा मानव कल्याण में रुचि रखते थे। उनके पास उन प्रश्नों का पूर्वाभास करने की क्षमता थी जिनके साथ उनके आगंतुक उनसे संपर्क करते थे। वह बिना एक शब्द कहे भी बहुत सूक्ष्मता से उत्तर सुझाते थे। उन्होंने हमेशा इस बात पर जोर दिया कि हिंदू धर्म का उद्देश्य और लक्ष्य हमेशा स्वयं का ज्ञान और ब्रह्म ज्ञान, परम का ज्ञान प्राप्त करने का प्रयास रहा है। यह उनकी पीड़ा थी कि आधुनिक मनुष्य (स्वामी के अपने समय में भी) अधिक सांसारिक और आत्मकेंद्रित हो गया था। उन्होंने दुनिया को दिखाया कि ब्रह्म ज्ञान पहुंच के भीतर था यदि केवल मनुष्य में इसकी तीव्र इच्छा हो। "यह अपने ही प्रयास की बात थी" यही उनका विचार था और इसे निरंतर आगे बढ़ाना होगा। यही उनका मनुष्य के लिए संदेश था। कोई आश्चर्य नहीं कि उसके आस-पास के लोग और अब भी जो उनके बारे में जानते थे, वे उसे एक चलने वाला भगवान मानते थे।